La Jolla Cove si trova all'interno della riserva ecologica San Diego-La Jolla Underwater Park di 6.000 acri, istituita nel 1971 come prima area marina protetta ufficialmente designata della California. I confini della riserva si estendono dalle scogliere di arenaria verso sud fino allo Scripps Pier, comprendendo foreste di kelp che si innalzano per 60 piedi dal fondale e scogliere rocciose colonizzate da oltre 300 specie di invertebrati. Le temperature dell'acqua rimangono stabili tra i 14 e i 20 gradi Celsius tutto l'anno, abbastanza fredde da sostenere il kelp gigante ma abbastanza calde da attirare pesci subtropicali solitamente presenti più a sud. La reputazione della costa come destinazione per lo snorkeling si basa su due caratteristiche geologiche: il promontorio di Point La Jolla, che protegge la baia dalle mareggiate prevalenti da nord-ovest, e le sporgenze di arenaria sommerse che creano habitat a livelli dalla zona di risacca fino a profondità di 40 piedi. La visibilità varia da 10 a 30 piedi a seconda delle correnti di marea e delle fioriture di plancton, con le condizioni più limpide che si registrano dopo diversi giorni di venti provenienti da terra. Il tordo (California sheephead), il garibaldi e lo squalo leopardo sono specie residenti; tra dicembre e maggio, le balene grigie migratorie passano a un quarto di miglio dalla costa. Gli standard dell'attrezzatura si sono evoluti insieme alle protezioni ecologiche della riserva. I pacchetti di noleggio moderni ora includono maschere a basso volume con lenti in vetro temperato, pinne a tallone aperto calibrate per le correnti del Pacifico e mute da 3 millimetri che estendono il tempo di permanenza negli strati d'acqua più freddi della riserva. Dal 2018, le autorità hanno iniziato a richiedere cordini a rilascio rapido per fotocamere e torce subacquee dopo ripetuti incidenti di impigliamento che hanno coinvolto il kelp. Gli operatori di noleggio snorkeling a La Jolla Cove forniscono attrezzatura ispezionata secondo i protocolli dei bagnini di San Diego, che impongono test annuali di pressione sulle valvole di spurgo dei boccagli e la sostituzione di ogni facciale della maschera che mostri crepe da stress. L'accesso rimane illimitato ma regolamentato. La designazione di Area Marina Protetta vieta qualsiasi tipo di prelievo: niente conchiglie, niente campioni di kelp, nessuna perturbazione del sedimento del fondale. I ranger fanno rispettare una zona cuscinetto di 100 iarde attorno ai leoni marini sulla spiaggia ed emettono multe ai nuotatori che inseguono i mammiferi marini sott'acqua. Il valore di ricerca della riserva è cresciuto con l'aumento delle temperature oceaniche; lo Scripps Institution of Oceanography mantiene transetti di monitoraggio permanenti in tutta la baia, tracciando i cambiamenti di distribuzione delle specie temperate e subtropicali man mano che la Corrente della California si indebolisce.