La Jolla Cove liegt innerhalb des 6.000 Hektar großen San Diego-La Jolla Underwater Park Ecological Reserve, das 1971 als erstes offiziell ausgewiesenes Meeresschutzgebiet Kaliforniens gegründet wurde. Die Grenzen des Reservats erstrecken sich von den Sandsteinklippen südlich bis zum Scripps Pier und umfassen Kelpwälder, die 20 Meter vom Meeresboden aufragen, sowie felsige Riffe, die von über 300 Arten von Wirbellosen besiedelt sind. Die Wassertemperaturen liegen ganzjährig konstant zwischen 14 und 20 Grad Celsius – kühl genug, um Riesentang zu erhalten, aber warm genug, um subtropische Fische anzulocken, die normalerweise weiter südlich vorkommen. Der Ruf der Küste als Schnorchelziel basiert auf zwei geologischen Merkmalen: der Landzunge Point La Jolla, die die Bucht vor vorherrschenden Nordwest-Wellen schützt, und den untergetauchten Sandsteinvorsprüngen, die abgestufte Lebensräume von der Brandungszone bis in 12 Meter Tiefe schaffen. Die Sichtweite reicht je nach Gezeitenströmungen und Planktonblüten von 3 bis 9 Metern, wobei die klarsten Bedingungen nach mehrtägigen ablandigen Winden herrschen. Der Kalifornische Schafskopf, Garibaldi-Fische und Leopardenhaie sind dort heimisch; zwischen Dezember und Mai ziehen Grauwale in einer Entfernung von etwa 400 Metern an der Küste vorbei. Ausrüstungsstandards haben sich parallel zu den ökologischen Schutzmaßnahmen des Reservats entwickelt. Moderne Mietpakete enthalten heute volumenarme Masken mit Sicherheitsglasgläsern, Flossen mit offenem Fersenteil für pazifische Strömungen und 3-Millimeter-Neoprenanzüge, die den Aufenthalt in den kühleren Wasserschichten des Reservats verlängern. Regulierungsbehörden begannen 2018, Sicherheitsleinen für Kameras und Tauchlampen vorzuschreiben, nachdem es wiederholt zu Verwicklungen mit Kelp-Haftscheiben gekommen war. Betreiber von Schnorchelausrüstung in La Jolla Cove führen Ausrüstung, die gemäß den Protokollen der Rettungsschwimmer von San Diego geprüft wurde, was eine jährliche Druckprüfung der Schnorchel-Ausblasventile sowie den Austausch von Maskendichtungen mit Spannungsrissen vorschreibt. Der Zugang bleibt uneingeschränkt, aber reguliert. Die Bezeichnung als Meeresschutzgebiet verbietet jegliche Entnahme – keine Muscheln, keine Kelpproben, kein Stören des Sedimentbodens. Ranger setzen eine 100-Yard-Pufferzone um an Land ruhende Seelöwen durch und verhängen Bußgelder für Schwimmer, die Meeressäuger unter Wasser verfolgen. Der Forschungswert des Reservats ist mit steigenden Meerestemperaturen gewachsen; die Scripps Institution of Oceanography unterhält permanente Monitoring-Transekte in der gesamten Bucht, um Verschiebungen der Verbreitungsgebiete gemäßigter und subtropischer Arten bei Abschwächung des Kalifornienstroms zu verfolgen.