La Jolla Cove se encuentra dentro de la Reserva Ecológica del Parque Submarino San Diego-La Jolla, de 6,000 acres, establecida en 1971 como la primera área marina protegida designada formalmente en California. Los límites de la reserva se extienden desde los acantilados de piedra arenisca hacia el sur hasta Scripps Pier, abarcando bosques de algas que se elevan 60 pies desde el lecho marino y arrecifes rocosos colonizados por más de 300 especies de invertebrados. Las temperaturas del agua se mantienen estables entre 57 y 68 grados Fahrenheit durante todo el año, lo suficientemente frías para sustentar algas gigantes pero lo suficientemente cálidas para atraer peces subtropicales que normalmente se encuentran más al sur. La reputación de la costa como destino de esnórquel se basa en dos características geológicas: el promontorio de Point La Jolla, que protege la cala de los oleajes predominantes del noroeste, y las cornisas de piedra arenisca sumergidas que crean hábitats escalonados desde la zona de surf hasta profundidades de 40 pies. La visibilidad varía de 10 a 30 pies dependiendo de las corrientes de marea y los florecimientos de plancton, con las condiciones más claras después de varios días de vientos terrestres. El pez oveja de California, el garibaldi y el tiburón leopardo son especies residentes; entre diciembre y mayo, las ballenas grises migratorias pasan a un cuarto de milla de la costa. Los estándares de equipo han evolucionado junto con las protecciones ecológicas de la reserva. Los paquetes de alquiler modernos ahora incluyen máscaras de bajo volumen con lentes de vidrio templado, aletas de talón abierto calibradas para las corrientes del Pacífico y trajes de neopreno de 3 milímetros que prolongan el tiempo de fondo en las capas de agua más frías de la reserva. Los reguladores comenzaron a exigir cordones de seguridad en cámaras y luces de buceo en 2018 después de repetidos incidentes de enredo que involucraban algas. Los operadores de alquiler de equipo de esnórquel en La Jolla Cove tienen equipos inspeccionados bajo los protocolos de los salvavidas de San Diego, que exigen pruebas de presión anuales de las válvulas de purga del esnórquel y el reemplazo de cualquier falda de máscara que muestre grietas por estrés. El acceso sigue siendo libre pero regulado. La designación de Área Marina Protegida prohíbe la recolección de cualquier tipo: nada de conchas, nada de especímenes de algas, nada de perturbar el sedimento del lecho marino. Los guardabosques hacen cumplir una zona de amortiguamiento de 100 yardas alrededor de los leones marinos en la playa y emiten citaciones a los nadadores que persiguen a los mamíferos marinos bajo el agua. El valor de investigación de la reserva ha crecido a medida que aumentan las temperaturas del océano; el Instituto de Oceanografía Scripps mantiene transectos de monitoreo permanente en toda la cala, rastreando los cambios de rango en especies templadas y subtropicales a medida que la Corriente de California se debilita.