Las siete cuevas marinas de La Jolla Cove fueron talladas durante más de dos millones de años por el oleaje del Pacífico erosionando la Formación Ardath Shale, creando una cadena de cámaras de arenisca de media milla accesible solo por agua. La más grande, Sunny Jim Cave, se extiende 145 pies tierra adentro y fue nombrada en 1902 por el autor L. Frank Baum debido a que su perfil se asemejaba a la mascota de un cereal británico. La cala en sí se convirtió en la primera reserva ecológica submarina de California en 1971, protegiendo 533 acres de bosque de algas y hábitat de arrecifes rocosos donde las temperaturas del agua oscilan entre los 59 y 68 grados durante todo el año. Siete cuevas distintas marcan la costa entre Shell Beach y Boomer Beach: Clam's Cave, Seal Rock Cave, White Lady, Little Sister, Arch Cave y las formaciones gemelas conocidas como Emerald y Sunny Jim. Cada cámara muestra capas de sedimento estratificado de la época del Eoceno, visibles como bandas horizontales en tonos ocre, óxido y carbón. Las cuevas se inundan con la marea alta y se drenan hasta exponer sus suelos en mareas extremadamente bajas, aunque el acceso seguro requiere ventanas de marea intermedias cuando el oleaje permanece por debajo de los cuatro pies. Los geólogos señalan que las formaciones retroceden aproximadamente seis pulgadas por década debido a la erosión continua por las olas. El estatus de reserva marina prohíbe la pesca y la recolección, permitiendo que poblaciones de langosta espinosa de California, lubina gigante y peces damisela Garibaldi se recuperen a densidades raramente vistas en otros lugares de la costa del sur de California. El dosel de algas protege a las lubinas blancas juveniles y al fletán durante los meses de verano. Los leones marinos de California descansan en las plataformas rocosas que flanquean las cuevas entre diciembre y mayo, mientras que las focas comunes ocupan las playas durante todo el año. Las rutas del tour de esnórquel en la cueva y la cala de La Jolla generalmente navegan por las bocas exteriores de las cuevas durante las tranquilas condiciones matutinas, cuando la visibilidad supera los 20 pies y la interferencia del plancton sigue siendo mínima. La composición de arenisca crea efectos de luz refractada dentro de las cavernas: tonos esmeralda y zafiro visibles solo durante los ángulos de sol del mediodía entre abril y septiembre. Los bancos cortados por las olas dentro de las cuevas muestran impresiones de moluscos fosilizados del período Paleógeno. El punto de acceso de 1100 Coast Boulevard, gestionado por los servicios de salvavidas de San Diego, ofrece una entrada por escaleras a la plataforma de playa rocosa donde los grupos guiados del tour de esnórquel en la cueva y la cala de La Jolla lanzan kayaks y distribuyen el equipo de esnórquel. Las marejadas invernales depositan ocasionalmente fragmentos de vidrio marino azul cobalto erosionados de antiguos vertederos anteriores a 1970, ahora valorados por los buscadores de tesoros a pesar de las prohibiciones de recolección dentro de los límites de la reserva.