Die sieben Meereshöhlen von La Jolla Cove wurden über zwei Millionen Jahre hinweg durch den Druck des Pazifiks geformt, der die Ardath-Schieferformation erodierte. Es entstand eine fast einen Kilometer lange Kette aus Sandsteinkammern, die nur vom Wasser aus zugänglich sind. Die größte, Sunny Jim Cave, erstreckt sich 44 Meter landeinwärts und wurde 1902 vom Autor L. Frank Baum benannt, da ihr Profil einem britischen Maskottchen auf Müslipackungen ähnelte. Die Bucht selbst wurde 1971 zum ersten Unterwasser-Ökologie-Reservat Kaliforniens und schützt heute 215 Hektar Kelpwald und felsiges Riff, wo die Wassertemperaturen ganzjährig zwischen 15 und 20 Grad Celsius liegen. Sieben markante Höhlen prägen die Küste zwischen Shell Beach und Boomer Beach: Clam's Cave, Seal Rock Cave, White Lady, Little Sister, Arch Cave sowie die Zwillingsformationen Emerald und Sunny Jim. Jede Kammer zeigt stratifizierte Sedimentschichten aus dem Eozän, die als horizontale Bänder in Ocker, Rost und Anthrazit sichtbar sind. Die Höhlen laufen bei Flut voll und legen ihre Böden bei extremem Niedrigwasser frei, wobei ein sicherer Zugang Zeitfenster bei mittlerem Gezeitenstand erfordert, wenn die Dünung unter 1,2 Metern bleibt. Geologen stellen fest, dass die Formationen aufgrund der ständigen Wellenerosion etwa 15 Zentimeter pro Jahrzehnt zurückweichen. Der Status als Meeresschutzgebiet verbietet das Fischen und Sammeln, wodurch sich Populationen von Kalifornischen Langusten, Riesen-Seebarschen und Garibaldi-Fischen erholen konnten – eine Dichte, die an der südkalifornischen Küste selten ist. Das Kelpdach schützt junge Weiße Seebarsche und Heilbutte in den Sommermonaten. Kalifornische Seelöwen ruhen sich zwischen Dezember und Mai auf den Felsvorsprüngen neben den Höhlen aus, während Seehunde das ganze Jahr über die Strände besiedeln. Die Routen der Schnorcheltour in der La Jolla Cove und den Höhlen navigieren bei ruhigen Morgenbedingungen meist an den äußeren Höhlenmündungen vorbei, wenn die Sichtweite über 6 Meter beträgt und planktonbedingte Trübung minimal ist. Die Sandsteinzusammensetzung erzeugt innerhalb der Höhlen gebrochene Lichteffekte – smaragd- und saphirblaue Töne, die nur bei einem bestimmten Sonnenstand zwischen April und September sichtbar sind. Von Wellen geformte Bänke in den Höhlen zeigen fossile Abdrücke von Weichtieren aus dem Paläogen. Der Zugang am 1100 Coast Boulevard, der von den San Diego Lifeguard Services verwaltet wird, bietet eine Treppe zum felsigen Strandplateau, wo geführte Gruppen der Schnorcheltour in der La Jolla Cove und den Höhlen ihre Kajaks zu Wasser lassen und Schnorchelausrüstung ausgeben. Winterstürme spülen gelegentlich kobaltblaues Meerglas an, das aus Mülldeponien vor den 1970er Jahren stammt und heute bei Strandbesuchern begehrt ist, obwohl das Sammeln innerhalb der Reservatsgrenzen verboten ist.