As sete grutas marinhas de La Jolla Cove foram esculpidas ao longo de dois milhões de anos pelo impacto das ondas do Pacífico erodindo a Formação Ardath Shale, criando uma cadeia de câmaras de arenito de quase um quilômetro de extensão, acessível apenas por água. A maior, Sunny Jim Cave, estende-se por 44 metros terra adentro e foi nomeada em 1902 pelo autor L. Frank Baum devido ao seu perfil que lembrava o mascote de um cereal britânico. A própria enseada tornou-se a primeira reserva ecológica subaquática da Califórnia em 1971, protegendo 215 hectares de floresta de algas e recifes rochosos, onde as temperaturas da água oscilam entre 15 e 20 graus Celsius durante todo o ano. Sete grutas distintas pontuam a costa entre Shell Beach e Boomer Beach: Clam's Cave, Seal Rock Cave, White Lady, Little Sister, Arch Cave e as formações gêmeas conhecidas como Emerald e Sunny Jim. Cada câmara exibe camadas estratificadas de sedimentos da época Eocena, visíveis como faixas horizontais em tons de ocre, ferrugem e carvão. As grutas inundam na maré alta e ficam com os pisos expostos nas marés extremamente baixas, embora o acesso seguro exija janelas de maré intermediárias quando as ondas permanecem abaixo de 1,2 metros. Geólogos observam que as formações recuam cerca de 15 centímetros por década devido à erosão contínua das ondas. O status de reserva marinha proíbe a pesca e a coleta, permitindo que populações de lagosta-da-califórnia, robalo gigante e o peixe Garibaldi se recuperem em densidades raramente vistas em outros lugares na costa do sul da Califórnia. O dossel de algas protege juvenis de robalo branco e linguado durante os meses de verão. Leões-marinhos da Califórnia repousam nas plataformas rochosas ao lado das grutas entre dezembro e maio, enquanto focas ocupam as praias durante todo o ano. As rotas do passeio de snorkel em La Jolla Cove e suas grutas geralmente navegam pelas entradas externas das cavernas durante as condições calmas da manhã, quando a visibilidade excede 6 metros e a interferência do plâncton permanece mínima. A composição de arenito cria efeitos de luz refratada dentro das cavernas — tons esmeralda e safira visíveis apenas durante os ângulos solares do meio-dia entre abril e setembro. Bancadas cortadas por ondas dentro das grutas exibem impressões de moluscos fossilizados do período Paleogeno. O ponto de acesso 1100 Coast Boulevard, administrado pelo San Diego Lifeguard Services, oferece entrada por escadas até a plataforma de praia rochosa, onde grupos guiados de passeio de snorkel em La Jolla Cove e suas grutas lançam caiaques e distribuem equipamento de snorkel. Tempestades de inverno ocasionalmente depositam fragmentos de vidro marinho azul-cobalto erodidos de locais de descarte anteriores a 1970, agora valorizados por colecionadores, apesar das proibições de coleta dentro dos limites da reserva.