La Jolla Cove fica dentro da Reserva Ecológica do Parque Subaquático San Diego-La Jolla, com 6.000 acres, estabelecida em 1971 como a primeira área marinha protegida formalmente designada da Califórnia. Os limites da reserva estendem-se das falésias de arenito para o sul até o Scripps Pier, abrangendo florestas de algas que se elevam a 60 pés do fundo do mar e recifes rochosos colonizados por mais de 300 espécies de invertebrados. As temperaturas da água permanecem estáveis entre 57 e 68 graus Fahrenheit durante todo o ano, frias o suficiente para sustentar algas gigantes, mas quentes o suficiente para atrair peixes subtropicais normalmente encontrados mais ao sul. A reputação da costa como destino de snorkel baseia-se em dois elementos geológicos: o promontório de Point La Jolla, que protege a enseada das correntes predominantes do noroeste, e as bordas de arenito submersas que criam habitats em camadas desde a zona de arrebentação até 40 pés de profundidade. A visibilidade varia de 10 a 30 pés, dependendo das correntes de maré e florações de plâncton, sendo as condições mais claras após vários dias de ventos vindos do mar. O California sheephead, o garibaldi e o tubarão-leopardo são espécies residentes; entre dezembro e maio, baleias-cinzentas migratórias passam a menos de 400 metros da costa. Os padrões de equipamento evoluíram junto com as proteções ecológicas da reserva. Os pacotes de aluguel modernos agora incluem máscaras de baixo volume com lentes de vidro temperado, nadadeiras de calcanhar aberto calibradas para as correntes do Pacífico e roupas de mergulho de 3 milímetros que estendem o tempo submerso nas camadas de água mais frias da reserva. Os órgãos reguladores começaram a exigir cordões de segurança em câmeras e luzes de mergulho em 2018 após repetidos incidentes de emaranhamento envolvendo algas. Os operadores de aluguel de snorkel em La Jolla Cove estocam equipamentos inspecionados sob os protocolos dos Salva-vidas de San Diego, que exigem testes anuais de pressão das válvulas de purga do snorkel e a substituição de qualquer borda de máscara que apresente rachaduras por estresse. O acesso permanece irrestrito, mas regulamentado. A designação de Área Marinha Protegida proíbe qualquer tipo de coleta — nada de conchas, nada de espécimes de algas, nada de perturbar o sedimento do fundo do mar. Os guardas florestais aplicam uma zona de proteção de 100 jardas ao redor dos leões-marinhos na praia e emitem multas para nadadores que perseguem mamíferos marinhos debaixo d'água. O valor de pesquisa da reserva cresceu à medida que as temperaturas do oceano aumentam; a Scripps Institution of Oceanography mantém transectos de monitoramento permanentes por toda a enseada, rastreando mudanças na distribuição de espécies temperadas e subtropicais à medida que a Corrente da Califórnia enfraquece.