Le sette grotte marine di La Jolla Cove sono state scavate nell'arco di due milioni di anni dalle onde dell'oceano Pacifico che hanno eroso la formazione di scisto di Ardath, creando una catena di camere di arenaria lunga ottocento metri, accessibile solo via acqua. La più grande, la Sunny Jim Cave, si estende per 145 piedi nell'entroterra ed è stata chiamata così nel 1902 dall'autore L. Frank Baum, per il suo profilo che ricorda una mascotte britannica dei cereali. La baia stessa è diventata la prima riserva ecologica sottomarina della California nel 1971, proteggendo 533 acri di foresta di kelp e habitat di scogliera rocciosa, dove le temperature dell'acqua oscillano tra i 15 e i 20 gradi tutto l'anno. Sette grotte distinte punteggiano la costa tra Shell Beach e Boomer Beach: Clam's Cave, Seal Rock Cave, White Lady, Little Sister, Arch Cave e le formazioni gemelle conosciute come Emerald e Sunny Jim. Ogni camera mostra strati di sedimenti stratificati dell'epoca dell'Eocene, visibili come fasce orizzontali in tonalità ocra, ruggine e carbone. Le grotte si allagano durante l'alta marea e si svuotano esponendo il fondale durante le maree estremamente basse, sebbene l'accesso sicuro richieda finestre di marea intermedie quando il moto ondoso rimane sotto i quattro piedi. I geologi notano che le formazioni arretrano di circa quindici centimetri al decennio a causa della continua erosione delle onde. Lo status di riserva marina vieta la pesca e la raccolta, consentendo alle popolazioni di aragoste della California, branzini giganti e pesci damigella Garibaldi di riprendersi fino a raggiungere densità raramente viste altrove sulla costa della California meridionale. La volta di kelp ripara i giovani branzini bianchi e gli halibut durante i mesi estivi. I leoni marini della California si spostano sulle piattaforme rocciose che fiancheggiano le grotte tra dicembre e maggio, mentre le foche comuni occupano le spiagge tutto l'anno. Gli itinerari del tour di snorkeling a La Jolla Cove e alle grotte solitamente navigano verso le imboccature esterne delle grotte durante le calme condizioni mattutine, quando la visibilità supera i 20 piedi e l'interferenza planctonica rimane minima. La composizione di arenaria crea effetti di luce rifratta all'interno delle caverne — tonalità smeraldo e zaffiro visibili solo durante gli angoli del sole di mezzogiorno tra aprile e settembre. I banchi tagliati dalle onde all'interno delle grotte mostrano impronte di molluschi fossili del periodo Paleogene. Il punto di accesso di 1100 Coast Boulevard, gestito dal San Diego Lifeguard Services, offre un ingresso tramite scale alla piattaforma rocciosa della spiaggia dove i gruppi guidati del tour di snorkeling a La Jolla Cove e alle grotte varano i kayak e distribuiscono l'attrezzatura da snorkeling. Le mareggiate invernali depositano occasionalmente frammenti di vetro marino blu cobalto erosi dai siti di discarica pre-1970, ora apprezzati dai cercatori di tesori in spiaggia nonostante i divieti di raccolta all'interno dei confini della riserva.